一、遥远的过去
　　
　　很久很久以前，在一个神秘的小岛上住着一个妇女，她的任务是守护小岛的“心脏"——一个散发美丽光芒的山洞。按照她的说法，如果这个山洞的光灭了，全世界也会因此暗淡。有一天，有一艘船在小岛附近遇险，其中一个孕妇漂流到小岛上，被小岛的“守护者”救了。孕妇很快就生了，是一对双胞胎，大的叫jacob，小的没名字。守护者把孕妇杀了，自己假装双胞胎的妈妈，把他们养大。十几年后，两个小孩长大，大的常穿白衣，小的穿黑衣。他们感情不错，常一起玩棋。jacob比较听话，但也比较木纳；黑衣小孩比较灵活、好问，常思考他们是从哪里来的。那位“后妈”，对他们说过，人类是丑恶的，只会自相残杀，而两个小孩被“设计”成永远伤害不了对方。
　　
　　有一天，这对双胞胎的亲生母亲的灵魂出现，黑衣小孩可以看到他，jacob看不到。他们的母亲把事情的真相告诉黑衣小孩，并且告诉他当年遇险的小船上还有其他人生存下来，住在岛的另一边。黑衣小孩知道后，想带jacob一起离开他们的后妈，去投靠另一群人，然后想办法“回家”（离开岛）。jacob知道真相后，决定还是跟着后妈。又过了三十年，jacob和他弟弟都已是中年人，偶尔还一起玩棋。黑衣人在跟其他人一起生活的时间里，渐渐觉得“后妈”对人类的评价是对的，而jacob始终相信人类是善良的。后来，黑衣人找到出岛的方法。后妈知道后把黑衣人的设备全毁了，并把其他人都杀掉。接着后妈把jacob带到小岛的“心脏”，叫jacob接她的班守护小岛。jacob知道她后妈其实比较喜欢他弟弟，也知道后妈其实希望他弟弟接她的班，但jacob还是接受了，因为他知道后妈只剩下他了。后妈告诉他无论如何都不能进入洞内，不然会比死还惨。黑衣人看到自己的设备和全村的人被杀死，暴怒之下杀了他后妈，在后妈频死前问她为什么一直阻止他出岛，后妈的回答是，因为她爱他。jacob知道他弟弟杀了后妈后，愤怒地把他弟弟揍了一顿，并把他扔到那个发光的山洞。他弟弟死去，灵魂变成一团黑烟，那黑烟仍然执意要“回家”。黑烟可以变成黑衣人原来的样子，也可以变成死去的人。黑烟破坏力很强，并且刀枪不入。悲伤的jacob把他生命中最爱的两个人的尸体放在另一个小山洞里。jocob成为小岛新的守护者。

　　二、jacob、黑烟和人类
　　
　　在接下来很多很多年里，黑烟一心想杀掉jacob和所有候选人然后出岛，但从没成功。由于一些“规矩”，他们不能亲手杀对方，黑烟也不能亲手杀死候选人，只能借他人之手。jacob有时会召唤一些人到小岛上，一方面是要证明给他弟弟看人类并非丑恶，一方面在物色新的接班人。但是，jacob希望在不需要自己插手的情况下人类可以自己证明自己的善良，但结局都是人类被黑烟杀死。这样的情况一直重复着，直到19世纪，有一艘载着一些奴隶的船被风浪卷到小岛上。黑烟把船上所有人杀死，只剩下 richard一人。黑烟用计欺骗richard，让richard信服他们其实是在地狱，只有杀掉恶魔jacob才可以救出自己和richard死去的老婆。 richard拿着一把短剑去杀jacob，但是反而被jacob说服，说黑烟才是邪恶的，小岛的存在正是为了困住这股邪恶力量。richard跟jacob说如果jacob不插手人类的事务，黑烟一定会插手，所以来到岛上的人一定会死。jacob不想自己插手，就请richard做他的代言人，并赐予 richard永恒的生命。从这时候起，被召唤来岛上的人，richard都会去帮他们，慢慢地有更多的人生存下来。richard就这样做jacob的助手一百多年。
　　
　　岛上的人类慢慢成为一个团体，通常都有一个领导，richard就作为领导的咨询者。六、七十年代这段时间，岛上的领导是 widmore.后来，widmore犯了忌，被ben逐出岛，ben成为新的领导。同时这段时间，有一群科学家（达摩组织）来到这岛上，建立了很多舱，每个舱都是为了做某些实验。其间小岛上发生一次意外，导致小岛上的某处的电磁波泄漏，科学家在这地方建立一个舱，目的是每108分钟释放电磁波。具体做法就是需要一个人在舱内的一个电脑上每108分钟输入一段数字。再后来，ben把这些科学家全部毒死。住在舱里的人没有被毒死，继续每108分钟输入数字。

三、候选人
　　
　　2004 年，一架飞机掉落在岛上，40多人幸存，其中包括jack,john,hugo，kate, sawyer等等。他们并不知道其实他们是新的一批被jacob召到岛上的人，其中有六个人被jacob指定为候选人（大概他预料到自己不久后就会被黑烟杀死）。大部分幸存者以为他们只是意外掉到小岛。john跟其他人不一样，他觉得冥冥之中他们来岛上是有原因的。jack是一个医生，他不相信john这个“信仰派”人物. 他们后来发现岛上有很多舱，其中一个就是70年代那个意外事件后建立起来为了释放电磁波的舱。在舱里他们发现了desmond。desmond独自一人在里面按了三年，因为之前的人跟他说需要这样做才能“拯救世界”。john和jack后来接了desmond的班，在desmond走后继续“拯救世界”。后来john觉得这是一个骗局，决定不按，在灾难发生之前，desmond冒死到地下炸了整个舱，意外的是，desmond受到强大的电磁波的摧残后居然安然无事。
　　
　　前岛主 widmore因为被ben逐出岛，怀恨在心，想杀ben报仇，但苦于找不到岛的位置。直到那个舱被desmond炸掉时候widmore的手下才终于找到岛的位置，并派人来杀掉ben. jack起初不知道这些人的真实目的，以为是来救他们的，所以jack间接帮助这些人到达岛上。john觉得这些人不怀好意，决定和jack分道扬镳。 ben狡猾多端，最终没被杀死，虽然自己的人牺牲了很多，还是把widmore的雇佣兵全部杀死。混乱中，jack和其他五个人成功离开岛。为了不让 widmore再次找到小岛，ben用“时光之轮”移动岛的位置，但自己也因此转移到非洲某个地方。john成为新的领导。但是，由于“时光之轮”被 ben转动后不稳定，john和其他幸存者不停的被闪到不同时间。

四、黑烟的计划
　　
　　黑烟继续进行他的“杀jacob杀候选人”计划。黑烟变成jack的老爸跟john说话，叫他去停止“时光之轮”，然后出岛后要把六个离开岛的人带回来，不然岛上的人会死去。他还告诉john为了让其他人回岛，john必须死去。john照做，“时光之轮”确实被他停止了，他也被闪到非洲，接着踏上寻找六个人之旅。结果没人愿意回岛。john想去自杀，但自杀前被ben阻止了，ben套出所有信息后把john杀死。jack对于john的死感到非常内疚，决定回岛“拯救”其他人。在ben和jack的说服下，其他5人同意回岛。jack渐渐地变成了“信仰派”。
　　
　　他们回岛后，黑烟变成john，给人一种john成功复活的假象。假john用计让ben相信jacob才是邪恶的，叫他去杀死 jacob(有点像当年说服richard,不过过程更加复杂)。ben中计，见到jacob后把jacob杀死。jacob一死，黑烟还是不能出岛，因为要杀掉所有候选人才行。黑烟骗所有候选人说他们得一起离开才能成功离开岛。他们有一个一起乘潜水艇离开岛的机会。但在进入潜水艇前黑烟在jack的包里偷偷放了一个定时炸弹，自己没有上潜水艇。当潜水艇潜到海底，jack一行人发现炸弹，但经过jack的快速分析，他认为黑烟没法直接杀死他们，不然早就动手了，何必搞这么复杂把他们困在潜水艇里。所以jack的结论是，黑烟的目的是要让他们自相残杀，但只要他们候选人没有碰那个定时炸弹，那个炸弹绝对不会爆炸。sawyer不相信，想动手拆炸弹，导致炸弹爆炸。潜水艇入水，只有5个人（其中三个是候选人，包括jack）逃了出来，其他人全死。 黑烟的“潜水艇杀候选人计划”算是失败了，但候选人那边损失惨重。

五、结局
　　
　　逃出来的人遇到jacob的灵魂，jacob希望他们其中一人出来接班。jack觉得这是他来岛上的“原因”，接了班，成为新的jacob.同时，黑烟抓住desmond,想让对电磁波免疫的desmond到岛的心脏把光扑灭。黑烟认为这样会使小岛沉没，这样一样除了他之外所有人将会死去，他遍可以成功出岛。jack也需要desmond，他认为desmond把光扑灭后，他可以杀死黑烟，岛不会沉没。jack和黑烟像打赌般让 desmond下去。desmond也有他自己的计划，他认为，当他把光扑灭，他可以到一个美丽的新世界生活。
　　
　　desmond下去那个发光的洞后，看到洞内有一个小池塘，池塘发着耀眼的光芒，池塘的中心有一块石头堵着另一个洞。他走进池塘，顶着强大的电磁波，把石头搬开，光消失。但他发现自己错了，因为没有“美丽新世界”等待着他。由于刚刚受到强大的电磁波的冲击，desmond趴在地上动弹不得。
　　
　　小岛开始摇晃，似乎是要下沉了。黑烟对jack说你输了，jack揍了黑烟一拳，发觉黑烟不再是刀枪不入，说，你也输了。决斗中，jack和kate把黑烟杀掉。jack在决斗中被黑烟刺了一刀。岛依然摇晃不止。在此同时，richard和另外两人正尝试把岛上一架飞机修好，计划在岛沉没前飞走。jack决定牺牲自己，下去洞内把光重新“点燃”来停止小岛的沉没。下去前，他说服hugo接他的班，让hugo保护小岛。hugo让ben做自己的助手。richard一行人成功把飞机启动。jack进入洞内，把desmond救了之后，自己进入水池把石头重新堵上，水池里的光重新回来。jack在水池里淌着血无法走动了，却得到救赎般地笑了。jack被弹到离山洞不远的一个竹林——这是2004年飞机失事后他一开始醒来的地方。全身留着血，jack边走边回忆往事，直到完全走不动了，他躺在地上，看着天上richard一行人的飞机飞过，欣慰的闭上眼睛

六、遥远的未来
　　
　　很久很久以后，当所有人都死去（包括新的守护者hugo）,他们在天堂入口处等待对方。等待的过程是很特别的，他们都不知道自己死去，在这个世界里飞机没有失事，他们过着新的生活，救赎自己和别人的灵魂。直到他们被对方互相唤醒，知道自己已经死去，接着学会放手, 学会前进，然后，一群人一起走入天堂。